De nombreux éléments de patrimoine constituent des éléments de stabilité du paysage du fait de leur protection au titre du secteur sauvegardé et de la ZPPAUP de Guérande.

Les marais salants sont quant à eux classés au patrimoine mondial de l'UNSECO. La loi littoral, la présence du parc naturel régional de Brière aux portes de l'unité... l'ensemble de ces protections devraient garantir une certaine pérennité des principales caractéristiques paysagères de l'unité. Pourtant, les évolutions observées sont majeures et la mutation des paysages doit être contrôlée rapidement afin d'éviter que l'unité ne soit essentiellement définie par ses franges.

Les enjeux liés au mode d'habiter

Les nouveaux lotissements résidentiels sont très consommateurs en espace, et participent fortement au mitage du territoire et à l'étalement urbain, ce qui conduit à une perte de lisibilité des éléments identitaires du paysage tels que le bocage. Il s'agit donc comme ailleurs d'enrayer la dynamique actuelle d'étalement urbain et de consommation excessive de l'espace en favorisant la compacité des opérations et en définissant des enveloppes urbaines cohérentes.

Ce mode d'urbanisation se greffe sur les structures urbaines traditionnelles sans tenir compte de leurs spécificités, banalisant ainsi l'espace urbain. Les lisères entre ville et campagne ne sont pas maîtrisées. L'habitat diffus monofonctionnel est aussi générateur de déplacements et de nouvelles voiries, augmentant la place de l'automobile dans le paysage. L'enjeu est donc d'optimiser le linéaire de voirie en se greffant davantage sur la trame existante, de favoriser la mixité des fonctions, de traiter les lisières et d'adapter les constructions au contexte local (topographie, matériaux, couleurs, modénature).

Sur les secteurs pavillonnaires ni véritablement ruraux, ni urbains, il faut chercher à recomposer les espaces situés l’intérieur des enveloppes déjà urbanisées avant d'envisager toute nouvelle extension urbaine. Il s'agit de favoriser une hiérarchisation des voies (repérage), une diversité de densités urbaines en relation avec les réseaux de transports, une mixité fonctionnelle et des coupures vertes. L'objectif est de poser la question de la création de quartier urbain à partir du tissu pavillonnaire existant.

Sur les zones rurales ayant subi une forte pression urbaine linéaire, l'enjeu est de parvenir à une meilleure structuration des développements à venir (soit pour retrouver un paysage agricole cohérent, soit pour développer un vrai tissu urbain identitaire).

Certains secteurs ruraux présentent déjà des signes visibles d'évolution, d'autres apparaissent comme des territoires de projets, notamment susceptibles de subir une mutation du paysage. L'enjeu est sur ces espaces de mener des réflexions pour une structuration sur le long terme qui permettent d'éviter la banalisation des paysages, et éviter le morcellement des terres agricoles.

Enjeux liés aux infrastructures et déplacements

Le projet de déviation ouest de Guérande constitue un enjeu important : il s'agira d'éviter qu'elle devienne un vecteur de développements urbains futurs sur des espaces agro-naturels déjà fragilisés.

Les itinéraires cyclables et de randonnée apparaissent comme des moyens de découverte privilégiés de l'unité. Un projet d'accompagnement paysager de ces aménagements pourrait être le support d'une réflexion en profondeur sur les caractéristiques identitaires du paysage rural. Le bocage à ses abords pourrait être protégé ou reconstitué tout en mettant en valeur le patrimoine architectural ordinaire.

Enjeux liés aux activités économiques

L'enjeu est de restructurer les entrées de villes comme celles de Guérande, mais aussi d'Herbignac afin de traiter les lisières ville/campagne, et de les intégrer à part entière au sein d'une ville multimodale en qualifiant l'espace public et en créant des espaces adaptés aux piétons et vélos.

La zone de Villejames, appelée à se développer fortement dans les années à venir veillera notamment à structurer le développement économique de façon à éviter la constitution d'un patchwork d'activités

Le développement du tourisme dans l'arrière pays, reposant sur l'attractivité du littoral, constitue un autre enjeu économique intéressant (valorisation du patrimoine, développement de l'offre de loisirs et d'hébergement).

Enjeux liés à l'espace agricole

Il s'agit globalement de contrer la perte de lisibilité des formes traditionnelles (hameaux, bocages, boisements) en limitant le phénomène de mitage, mais aussi de limiter l'enclavement d'espaces agricoles périurbains.

On observe une forte déprise agricole au nord de l'unité (Assérac, Herbignac).

Enjeux liés aux marais salants

La pérennité des paysages de marais salants dépend du maintien de l'activité des salines.
L'équilibre reste à trouver entre exploitation du potentiel touristique et la difficulté d'ouvrir au public des salines exploitées, qui sont avant tout un outil de travail.
Les modes de gestion des salines inexploitées devront être redéfinies en fonction de leur potentiel écologique et économique.

Les dynamiques observées soulevaient déjà des enjeux majeurs dans les années 1970 : 'La diminution de la force de travail disponible entraîne la non-exécution de tâches nécessaires au maintien de l'écosystème dans une forme compatible avec la production de sel. Pour tourner les difficultés rencontrées, les paludiers ont recours à des combinaisons techniques précaires dont la succession se traduit par une dégradation progressive du dispositif de production, qui va de pair avec la désintégration de la structure sociale traditionnelle. Ce processus se continue et s'amplifie de lui-même.' (Pierre Lemonier, Les marais salants de Guérande, Etudes Rueales, 1977).

La frange Sud des marais de Guérande constitue une interface sensible. Les bourgs paludiers, autrefois tournés vers les marais, ont désormais tendance à négliger le traitement de ces franges, qui devront être requalifiées (exemple : zones d'activité).

Enjeux liés à la topographie et aux espaces naturels

Les marais salants du Mès et de Guérande constituent des coupures naturelles majeures entre le littoral urbanisé et Guérande d'une part, et entre la partie nord et la partie centrale de l'unité d'autre part. La conurbation progressive entre Guérande et Saint-Lypgard doit être évitée.

La pression sur les franges des marais de Brière est importante et doit être maîtrisée. L'interface entre Saint-André des Eaux et les marais de Brière est notamment menacée : sa préservation est essentielle sur le plan environnemental, paysager et identitaire. L'interface mérite d'être requalifiée par endroit (Villejames).